Als die Brandenburgische Rosa-Luxemburg-Stiftung am 6. Juli 1991 in Potsdam gegründet wurde, gehörte Prof. Dr. Werner Hänisch zu den 23 Gründungsmitgliedern. Eine Zeitlang war er stellvertretender Vorsitzender der Stiftung und Vorstandsmitglied. Besonderes Anliegen war es ihm stets, nicht nur aktuelle politische Themen zu behandeln, sondern die Tradition der Befassung mit internationaler Politik in Potsdam fortzusetzen und eine zutreffende Sicht auf die Geschichte der DDR und ihrer Außenpolitik zu verbreiten.
Im Jahre 1930 geboren, besuchte Werner Hänisch die Volksschule, später eine Handelsschule und machte 1945-48 eine Ausbildung als Betriebselektriker. Im Jahre 1950 wurde er zu einem Studium an die Deutsche Verwaltungsakademie delegiert, die sich zunächst in Forst Zinna, ab 1952 in Potsdam-Babelsberg befand. In der Fachrichtung Außenpolitik wurden junge Menschen für internationale Tätigkeiten im Dienste der neugegründeten Deutschen Demokratischen Republik ausgebildet. Der Bruch mit dem Faschismus bedeutete, ehemalige Nazis zur Außenvertretung dieses Staates nicht zuzulassen. Es musste neues Personal gefunden werden, das für die Vertretung der internationalen Interessen der DDR zur Verfügung stand. Es kam zunächst aus dem antifaschistischen Widerstand bzw. der Emigration, oder aber musste ganz neu herangebildet werden. Zu den ersten dieser Generation gehörte auch Werner Hänisch.
Da für die zunehmende Zahl von Studierenden das Lehrpersonal knapp war, wurden begabte junge Mitarbeiter frühzeitig zugleich Lehrende, obwohl sie noch Lernende waren. Hänisch war seit 1951 wissenschaftlicher Assistent des an der Akademie gebildeten Instituts für Internationale Beziehungen (IIB), machte sein Diplom 1953 und wurde im selben Jahr wissenschaftlicher Oberassistent. Die Promotion erfolgte 1961 zu Grundprinzipien der Beziehungen zwischen sozialistischen Ländern, die Habilitation 1970 zur Geschichte der Außenpolitik und der internationalen Beziehungen der DDR in der Gründungsphase 1949-1955. Im Jahre 1963 erhielt er eine Dozentur, 1970 eine Professur am IIB. In den Jahren 1968 bis 1974 war er stellvertretender Institutsdirektor für Lehre, 1974 bis 1990 stellvertretender Direktor für Forschung. Publizistisch arbeitete er zunächst zur Geschichte der DDR-Außenpolitik und zu den Beziehungen zwischen den sozialistischen Ländern, seit den 1970er Jahren zu Frieden und Sicherheit in Europa, insbesondere zur Konferenz über Sicherheit und Zusammenarbeit in Europa (KSZE). Als stellvertretender Institutsdirektor war er Herausgeber einer Reihe von Sammelwerken und Sach-Wörterbüchern des Instituts.
Wegen seiner genauen Kenntnisse des KSZE-Prozesses wurde er in die Verhandlungsdelegationen der DDR-Regierung zu den KSZE-Folgetreffen in Madrid (1980-83) und Wien (1986-89) berufen. Hier leitete er insbesondere die Arbeitsgruppen, die sich mit dem „Korb III“ (Zusammenarbeit in humanitären Bereichen, Information, Kultur und Bildung) beschäftigten. Dazu gehörten auch Expertentreffen, so in Bern 1986 zu menschlichen Kontakten. Als Hauptproblem der DDR bezeichnete er in einem Interview (2003), dass mit der KSZE das internationale Gewicht der DDR beträchtlich gewachsen war, sie aber nicht in der Lage war, im Inneren KSZE-adäquate Bedingungen im Sinne von Demokratie und Achtung der Menschenrechte zu schaffen. Seine persönliche Erfahrung dabei war: „Politiker lernen nicht aus Fehlern und schon gar nicht aus Fehlern anderer Politiker.“
Werner Hänisch starb am 21. Januar 2017 in Potsdam.